Az Állattenyésztési Tanszéket (az Állattudományi Intézet és Állattudományi Tanszék jogelődje) 1954-ben a Mezőgazdasági Akadémia újjászervezése idején Dr. Szajkó László hívta életre. Ebben az időben az Állattenyésztési Tanszék keretében folyt az állatbonc- és élettan, állategészségtan, takarmányozástan, tejgazdaságtan, valamint az általános és részletes állattenyésztéstan oktatása. Ennek megfelelően meg kellett teremteni a tanszék tárgyi, valamint személyi feltételeit. A tanszék feladatköre kezdetben nagyon széles spektrumú volt, de ahogy változtak az igények, és egyre nagyobb jelentőséget kapott az állattenyésztési oktatás súlya és a kutatás volumene, fokozatosan kiváltak az interdiszciplinák. Így 1958-ban önállósult az Állatbonc- és Élettani Tanszék, 1971-ben a Tejgazdasági és Mikrobiológiai Tanszék, majd 1987-ben a Takarmányozástani Tanszék.

Az 1980-as évek elején elindított tantervek alapján az agrármérnöki törzsanyag oktatása mellett bevezetésre került az ún. „blokkos oktatás”. Itt lehetőség nyílt az agrármérnöki törzsanyagon felüli speciális állattenyésztési ismeretek elsajátítására. Külön kiemelkedőnek nevezhető, hogy hazai viszonylatban egyedülállóan színvonalas ismeretanyagot nyújtottak az egyes blokkokon belül oktatott tárgyak, melyek között több olyan volt, amit más agrárintézmények kezdetben nem oktattak. Ide tartozott a speciális tananyaggal rendelkező állatgenetika, szaporodásbiológia, prémesállat-tenyésztés, állattenyésztési biotechnológia.

A tanszék tevékenyen kivette részét a posztgraduális képzésből. Szervezője volt az 1970-80-ig érvényben lévő állattenyésztési szakmérnök képzésnek, majd a későbbiekben ugyancsak tanszéki szervezésben folyt a szarvasmarha- és juhtenyésztési szakmérnök képzés. A karon folyó szakmérnök képzések közül rendszeresen részt vállalt a tejipari és a húsipari szakmérnök képzésben a tejtermelés és a hústermelés biológiai alapjainak oktatásával.

2000-ben az Állattudományi Intézet meghirdette nappali tagozatos hallgatói számára az Állattenyésztési szakirányt, 2001/2002. tanévben a Vadgazdálkodási, majd 2002/2003. tanévben a Haltenyésztési szakirányt. 2003-ban sor került a Lótenyésztés, lovassportok szakirány meghirdetésére. 2002-től az Állattudományi Intézet hét intézeti tanszékből állt (Állatélettani és Állategészségtani, Állatgenetikai és Biotechnológiai, Általános állattenyésztés, Baromfi és Sertéstenyésztés, Szarvasmarha és Juhtenyésztés, Takarmányozástani, Lótenyésztés és Lovassportok). 2016. július 1-vel az intézeti tanszékek helyett intézeti tanszékcsoportok működnek, az Állattudományi Intézet új neve Állattudományi Tanszék lett.